Il microscopio è uno strumento che consente di vedere e analizzare oggetti, particelle e microrganismi non visibili ad occhio nudo. È costituito da diverse parti: l’obiettivo, l’oculare, il condensatore, la sorgente, il tavolino, lo stativo e il supporto dei componenti ottici e di norma è binoculare o trinoculare.

I microscopi si differenziano anche a seconda del tipo di illuminazione che può essere a luce trasmessa, oppure a luce riflessa.

Le metodiche di osservazione con microscopi ottici sono:
Campo chiaro (BF) con illuminazione trasmessa che attraversa il preparato. La colorazione del preparato modifica la natura cromatica della luce.

Campo scuro (DF) con illuminazione del preparato con luce radente, obliqua. Ne evidenzia i contorni.

Contrasto di fase (PHC) per osservazione di campioni non colorati e di piccolo spessore non visibili in campo chiaro.

Interferenziale di Nomrasky (DIC) per osservazioni in modo tridimensionale di preparati colorati e non colorati.

Fluorescenza questo metodo permette di osservare e localizzare sostanze fluorescenti che si eccitano ed emettono a lunghezze d’onda definite.

Polarizzazione (POL) per osservazione di campioni ove un polarizzatore interviene tra la sorgente ed il campione e genera due componenti d’onda perpendicolari che lo attraversano e vengono poi ricombinate da un analizzatore. Ciò porta alla generazione di un’immagine finale ad alto contrasto.